1938年、米国の薬学者フランク・バヤリーが瞬間殺菌法をつかって、果汁の風味や香りをそこなわず、保存性をよくする方法を発明しました。沖縄バヤリースの歴史は、このバヤリーのオレンジ飲料の製法確立に起因します。 　1950年、米国の占領統治下にあった沖縄に、米国と香港の資本がバヤリース・カリフォルニアオレンジ（オキナワ）社を設立し、バヤリース商標権者である米国ゼネラルフーズ社とのライセンス契約により、バヤリース飲料の製造販売を開始。その後、地元からの出資を得て、1960年にアメリカンボトリング株式会社に社名を改めました。



1972年、沖縄の本土復帰後の情勢が不透明であったため、アメリカン・ボトリング社は解散を決定。しかし、バヤリースがすでに優れたブランドに育っていたこと、多数の取引先にも恵まれていたことから、当時の社員が中心となって営業権を引継ぎ、株式会社沖縄バヤリースを設立。緑豊かな大里村（現・南城市）へ移転しました。 　以来「品質を守ること」を第一に、消費者のニーズに合わせた商品作りを心がけます。1975年には、果汁10％のバヤリースオレンジがJAS規格を取得。相次ぐ商品開発の中で、「多品種・小ロット生産」が可能なラインが出来上がりました。
　バヤリースオレンジから始まったラインナップは、現在、南国らしいトロピカルフルーツ果汁飲料や、茶飲料、健康志向飲料へとその分野を拡大。自社工場と協力工場で、ガラス瓶、PETボトルや缶入り飲料を製造しています。また、コストの変動する原料の確保も積極的に行い、安定した販売を続けています。